Красная книга
Растения, занесенные в Красную книгу Республики Казахстан:
На территории Иле-Алатауского национального парка встречаются 35 видов цветковых и 2 вида мохообразных растений из Красной книги Республики Казахстан. Еще 6 видов цветковых растений встречаются в пределах охранной зоны на территории Алматинского государственного природного комплексного заказника, хотя могут быть обнаружены и на территории парка.
Особенно интересны такие узкоэндемичные виды, как эутрема ложносердцелистная, крупка мелкоплодная, пастернаковник ледниковый, остролодочник алматинский наголоватка алматинская, а также виды, обладающие декоративными свойствами, и дикие сородичи культурных растений: шафран алатауский, тюльпан Островского, тюльпан Колпаковского, ревень Виттрока, курчавка Мушкетова, яблоня Сиверса, дикий абрикос, касатик Альберта, соссюрея обвернутая, шмальгаузения гнездистая, хохлатка Семенова, голосемянник алтайский, желтушник оранжевый, каркас кавказский, иридодиктиум Колпаковского и другие. Все они нуждаются в особой охране, дальнейшем изучении и контроле за состоянием популяций.
Животные, занесенные в Красную книгу Республики Казахстан:
Из числа достоверно обитающих на территории парка млекопитающих к редким и исчезающим относятся 6 видов: тянь-шанский бурый медведь, снежный барс, туркестанская рысь, тянь-шанский горный баран, каменная куница, индийский дикобраз.
На территории парка в разные сезоны года встречаются 20 видов редких птиц, из них 16 внесены в Красную книгу Казахстана, 4 – в Красную книгу Международного Союза охраны природы (МСОП).
Из числа птиц, внесенных в Красную книгу Казахстана, в парке гнездятся 5 видов: беркут, стервятник, кумай, филин, синяя птица. Черный гриф, коростель, сизоворонка внесены в Международную Красную книгу МСОП.
Из земноводных к редким и исчезающим отнесены жаба Певцова и центрально-азиатская лягушка. Жаба Певцова имеет статус IV категории и является неизученным видом. Один экземпляр ее был добыт на Большом Алматинском озере и один – в городе Алматы. Центрально-азиатская лягушка ранее встречалась в городе Алматы и его окрестностях, по рекам Или, Алматинка, Каскелен, Шамалган, в настоящее время исчезла или чрезвычайно редка. Вполне вероятно, что и сейчас этот вид обитает на территории парка, но он очень редок. Лягушка имеет статус II категории как вид с сокращающимся ареалом и численностью.
