Фауна
Ұлттық парктің табиғи жағдайы алуан түрлі, сондықтан да мұнда жануарлардың көптеген түрлері мекендеуге мүмкіндігі бар.
Омыртқалылар әлемінің 270 түрі, оның ішінде: 48 сүтқоректілер, 200-ден астам құстар түрі, рептилиялардың 8 түрі, амфибиялардың 4 түрі және балықтардың 8 түрі бар. Ұлттық парктің жануарлары алуан түрлі жағдайларда: тау бөктерінен, ормандардан бастап биік тау алқаптары белдеулері, құздар мен мұздықтарға дейін, сонымен қатар су қоймаларында және елді мекендер аумағында тіршілік етеді.
Сүтқоректілер
Салпаң құлақ кірпі, кіші атжалман – тау етектерінің ерекше мекендеушілері, ағын су бойында су атжалманы кездеседі. Мұнда тышқан тектес кемірушілер, сонымен қатар қасқыр, түлкі, шиебөрі, елік, борсық, құм қояны, ұсақ сусартектестер – ақ тышқан, ақкіс, құстардан торғайтектестер, көк қарға тәрізділер де кездеседі.
Орман белдеуінде тұяқтылардан – жабайы шошқа, марал, сібір елігі; кеміргіштерден – тиін, орман қарақасы, тянь-шань орман сұр тышқаны, сонымен қатар құм қояны жиі кездеседі. Олардың арасында ең құндылары – марал мен елік. Марал шырша ормандарында мекендейді. Жылдың жекелеген маусымдарында биік таулардағы арша ормандарына, сонымен қатар жапырақты ормандарға да кіреді.
Биік тау көгалдары аймақтарында таутеке, тянь-шань арқары, құз ақтісі, қызыл шақылдақ тіршілік етеді.
Жабайы шошқа парктің барлық аумағында кездесіп, күз мезгілінде май жинақтау үшін жабайы жемісті ормандарға кіреді. Азық табу мақсатында едәуір миграциялар жасайды.
Түлкі тауларды қоса орманнан бастап далаға дейін парктің барлық ландшафтық-географикалық аймақтарында мекендейді.
Борсық парктің барлық аумағында кездеседі, әртүрлі ландшафтарда тіршілік етеді. Өсімдіктермен де, жануарлармен де қоректеніп, қыс мезгілінде ұйқыға жатады.
Құм қоянының денесі мен салмағы аса үлкен емес, шөлді жерлер мен тау етегінде мекендейді.
Парктің кез келген бөлігінен жарқанаттардың: маймұрын, қызғылт ымырт жарқанаты, сұр құлақты жарқанат және мұртты түн жарқанатын кездестіруге болады.
Құстар
Жалпы ұялау және көбею кезеңінде паркте құстардың 130-дан астам түрі жиналады. Құстардың түрлерінің жартысы – тау құстары. Олардың мекендеу орталары белгілі биіктік белдеулеріне байланысты.
Көк қарға, сарыалқым аражегіш, бәбісек ұяларын тау етегінде теңіз деңгейінен 1100–1200 метр биіктікте бұталар мен нулы шөптер басқан жар, жыра мен сай арасында іннің ішіне салады. Олардан бөлек саны жағынан көп құстар – шауқарға, қараторғай, майналар. Қылаң торғайлар ағаштарға колония ұйымдастырады. Бұталар мен биік шөптер арасында қырғауыл, сұр және сақалды шіл мекендейді. Жалпы алғанда жаз уақытында тау бөктерінде құстардың 76 түрін кездестіруге болады.
Қылқанжапырақты ормандарда (2700-ден–2800м-ге дейін) негізінен тайга құстары: бал қарағай торғайы, сары үрпек шымшық, қайшыауыз шырша торғайы, қалақайлық, маубас жапалақ, байғыз жапалақ мекендейді. Кеуек ұялылардан көк шымшық және жоңғар шөже торғайының кездесуі дағдылы
жағдай, ал төменгі учаскелерге үлкен сары шымшықенеді. Ескі ағаштың діңдеріндегі кеуекте үш саусақты тоқылдақ, алқаптың төменгі бөлігінде – үлкен ала тоқылдақ тіршілік етеді. Қылқан жапырақты ормандарда кұстардың 17 түрі ұя с алады.
Биік таулар көгалдарында теңіз деңгейінен 3000-3600 метр биіктікте құздар мен альпі шалғындары арасында тіпті жаз мезгілінде де тығыздалған ерімей
қалып кеткен қары бар жазықтар кездеседі. Бұл аймақтың мекендеушілері құздармен байланысты. Олар: сақалтай, тауқарға, сарытұмсық шауқарға, қарға, гималай ұлары, қызылбауыр қызылқұйрық, жарқұс, сұржон содырғы, қызыл інжурең құнақ.
Рептилиялар, амфибиялар
Салыстырып қарағанда ұлттық парк аумағында рептилиялар, амфибиялар және балықтар саны аз, өйткені таулы жағдайда тіршілікке көбісі шыдамайды.
Рептилиялардың 8 түрі, амфибиялардың 4 түрі, балықтардың 8 түрі бар. Бұл көбінесе мекенінің айтарлықтай қатал жағдайларына – күн жарығының
қысқалығы және жазықтыққа қарағанда ауа мен су температурасының төмендігіне бейімделген тау түрлерінің топтары. Бауырымен жорғалаушылардан бұл жерде өрнекті әбжылан, ширақ кесіртке, алай кесірткесі және боз жылан; амфибиялардан – Певцов құрбақасы және көлбақа; балықтардан – жалаңаш және қабыршақты көкбас пен құбылмалы бахтах тіршілік етеді.
