История Иле-Алатауского государственного национального природного парка начинается с 1931 года, когда в Заилийском Алатау был создан Алматинский государственный заповедник.

Первоначально он занимал площадь 15 тыс. га в до­лине реки Малая Алматинка. В 1935 году после увели­чения площади до 40 тыс. га, а позже до 856,7 тыс. га, он стал именоваться Алма-Атинским, охватывая уже весь хребет Заилийского Алатау. На этой территории стали проводиться регулярные научные исследования по растительному покрову, типологии лесов, птицам и млекопитающим.  Инициаторами создания Иле-Алатауского наци­онального парка были известные казахстан­ские ученые – ботаники, зоологи и почвоведы, в том числе академики АН Казахской ССР Б.А. Бы­ков, Е.В. Гвоздев и И.О. Байтулин.

Они прекрасно понимали необходимость сохране­ния уникальных лесных экосистем с доминированием реликтовой ели Шренка и «краснокнижных» листвен­ных пород – яблони Сиверса и дикого абрикоса. Пер­воочередной задачей в условиях возрастающего пото­ка туристов и отдыхающих было сохранение и других природных комплексов со всеми элементами биологи­ческого разнообразия, а также ледников, озер и горных рек, обеспечивающих водой Алматы и множество дру­гих населенных пунктов.

Первое научное обоснование организации Заи­лийского (как его называли вначале) национального парка по поручению Совета Министров КазССР от 3 января 1985 г. разрабатывалось в соответствии с про­граммой Академии наук «Развитие заповедного дела в Казахстане». В работе принимали участие сотруд­ники различных академических институтов: зоологи (А.Б. Бекенов, З.К. Брушко, А.Ф. Ковшарь), ботани­ки (И.И. Ролдугин, С. А. Арыстангалиев), почвове­ды (А.А. Соколов, Ю.Г. Евстифеев, А.К. Алимбаев) и географы (И. В. Северский, И.С. Соседов и дру­гие). Научными руководителями являлись академики Е.В. Гвоздев и Б. А. Быков.

В 1987 г. отделом проблем биосферы и эколо­гии Казахстанского комитета по программе ЮНЕСКО «Человек и биосфера» при Академии наук Казахской ССР в рамках программы «Разви­тие заповедного дела в Казахстане» было подготов­лено научное обоснование к «Генеральной схеме развития и размещения объектов природно-запо­ведного фонда Казахской ССР до 2005 г.». В этом документе предлагалось создать Заилийский госу­дарственный национальный природный парк на площади 280,0 тыс. га.

Позднее, в 1989 г., «Схемой развития и размеще­ния объектов природно-заповедного фонда Казахской ССР до 2005 г.» создание Заилийского государствен­ного национального природного парка планирова­лось осуществить в 1995 г. на площади 200,0 тыс. га. Затем в 1990 году в мастерской №4 под руководством Ю.И. Эйдинова ГГПИ «Казгипроград» было разрабо­тано технико-экономическое обоснование организа­ции парка. В 1995 г. Экологический исследователь­ский центр «ЭНВИРС» в рамках подготовки «Схемы развития и размещения объектов природно-заповед­ного фонда Алматинской области» под руководством академика И.О. Байтулина и профессора Е.И. Рач­ковской разработал научное обоснование создания Заилийского национального парка на площади 280,0 тыс. га на базе Заилийского лесохозяйственного про­изводственного объединения.

Первым генеральным директором Иле-Алатау­ского ГНПП стал В.Н. Татаркин, впоследствии – Ж.М. Мырзабеков, А. А. Бегембетов, а с 2008 года – М.С. Айнабеков. В настоящее время из числа научных сотрудников в парке трудятся кандидат биологических наук, профессор Российской академии естествозна­ния А.А. Иващенко и кандидат биологических наук Р.М. Туреханова.