Бөгенді тектоникалық көлдер тобына жататын Үлкен Алматы көлі теңіз деңгейінен 2511 метр биіктікте орналасқан.

Шамамен екі мың жыл бұрын жойқын жер сілкінісі салдарынан пайда болған. Оның тереңдігі 35 метрге жетеді, ал судың температурасы жыл бойында 12ºС-дан жоғары көтерілмейді. Суды бөгеу нәтижесінде пайда болған тағы бір көл – Есік көлі. 1963 жылы болған жой­қын селдін нәтижесінде көл шайылып кетіп, жойылғаны белгілі. Бірақ 80-ші жылдардың соңында бөгет құрылы­сы аяқталған соң көлдің 2/3 бөлігі қалпына келді, су ай­дыны да ұлғайды.