Іле-Алатау мемлекеттік ұлттық табиғи паркінің тарихы 1931 жылдан басталады, сол жылы Іле-Алатауында Алматы мемлекеттік қорығы құрылды. Бастапқыда ол Кіші Алматы өзенінің алқабын­да 15 мың га ауданды алып жатты. Ал 1935 жылы 40 мың га дейін, содан кейін 856,7 мың га дейінгі көлемде ұлғайып, ол Алматы деп атала бастады. Ол Іле-Алатауының бүкіл жотасын қамтыды. Осы ау­мақта өсімдіктер дүниесі, ормандардың түрі, құстар мен сүтқоректілер бойынша тұрақты ғылыми зертте­улер жүргізіле бастады.

Іле-Алатау ұлттық паркін құруға бастама жа­сағандар белгілі қазақ ғалымдары – ботаниктер, зоологтар және топырақ зерттеушілер, оның ішінде Қазақ КСР ҒА академиктері Б.А. Быков, Е.В. Гвоз­дев және И.О. Байтулин болды.

Олар Шренк шыршасы, «қызыл кітаптық» – Си­верс алмасы мен өрік басым өсетін орманның біре­гей экожүйесін сақтау қажеттілігін өте жақсы түсінді. Көбейе түскен туристер мен демалушылар тасқыны жағдайында бірінші кезектегі міндет алуан түрлі био­логиялық барлық элементтері бар басқа табиғи кешен­дерді, мұздықтарды, Алматыны және басқа да көптеген елді мекендерді сумен қамтамасыз ететін көлдер мен тау өзендерін сақтау болды.

Іле-Алатау ұлттық паркінде (басында осылай деп аталатын) Қаз КСР Министрлер кеңесінің тапсыруымен 1985 жылы 3 қаңтарда Ғылыми Академияның «Қа­зақстанда қорық ісінің дамуы» бағдарламасына сәйкес алғашқы ғылыми негіздеме әзірленді. Жұмысқа түрлі академиялық институттардың қызметкерлері қатысты: зоологтар (А.Б. Бекенов, З.К. Брушко, А.Ф. Ковшарь), ботаниктер (И.И. Ролдугин, С.А. Арыстанғалиев), то­пырақ зерттеушілер (А.А. Соколов, Ю.Г. Евстифеев, А.К. Алимбаев) және географтар (И.В. Северский, И.С. Соседов және басқалары). Ғылыми жетекшілері: академиктер Е.В. Гвоздев және Б.А. Быков болды.

1987 жылы Қазақ КСР Ғылым академия­сы жанындағы «Адам және биосфера» ЮНЕСКО бағдарламасы бойынша Қазақстан комитетінің биосфера және экология мәселелері бөлімі «Қазақстандағы қорық ісін дамыту» бағдар­ламасының шеңберінде «Қазақ КСР табиғи-қорық қор нысандарын 2005 жылға дейін дамыту және орналастырудың басты сызбасына» ғылыми не­гіздеме дайындалды. Бұл құжатта 280,0 мың га аумакта Іле-Алатау мемлекеттік ұлттық паркін құруға ұсыныс жасалды.

Кейінірек 1989 жылы «Қазақ КСР табиғи-қорық қор нысандарын 2005 жылға дейін дамыту және ор­наластырудың басты сызбасымен» 1995 жылы 200,0 мың га аумақта Іле-Алатау мемлекеттік ұлттық табиғи паркін құру жоспарланды. Содан кейін 1990 жылы Ю.И. Эйдиновтың басшылығымен «Казгипроград» ГПИ №4 шеберханасында паркті ұйымдастырудың техника­лық-экономикалық негіздемесі әзірленді. 1995 жылы «ЭНВИРС» Экологиялық зерттеу орталығы «Алматы облысының табиғи-қорық қорының нысандарын дамы­ту және орналастыру сызбасын» дайындау шеңберінде И.О. Байтулиннің және профессор Е.И. Рачковскаяның басшылығымен 280,0 мың. га ауданда Іле-Алатау ор­ман шаруашылығы өндірістік бірлестігі негізінде Іле-Алатау ұлттық паркін құрудың негіздемесі әзірленді.

Іле-Алатау МҰТП бірінші бас директоры В.Н. Татар­кин болды, соңында – Ж.М. Мырзабеков, А.А. Бегім­бетов, М.С. Айнабеков, ал 2008 жылдан бастап – Д.Н. Малгельдиев. Қазір­гі уақытта паркте ғылыми қызметкерлер қатарынан Ресей жаратылыстану академиясының профессоры А.А. Иващенко және биология ғылымдарының канди­даты Р.М. Төреханова еңбек етуде.